Bakterie gonokok napadá téměř výhradně sliznice močového a pohlavního ústrojí. K rozšíření krevním řečištěm na další orgány dochází jen ve výjimečných případech, kdy bývá nejčastěji zasažena kůže, velké klouby či srdce. Krom močové trubice a děložního hrdla se této bakterii daří na sliznici konečníku, nosohltanu a spojivce oka. Důsledkem oslabení sliznic je také zvýšené riziko infikace dalšími pohlavně přenosnými chorobami.
U mužů se téměř vždy během 2 až 5 dnů po nákaze dostavují příznaky akutního zánětu. Dostavují se nepříjemné pocity pálení během močení a časté nutkání na něj. Okolí vyústění močové trubice je zarudlé a zduřelé. Tyto první příznaky vzápětí následuje silný běložlutavý či zelenožlutavý výtok. Pokud nedojde k nasazení adekvátní léčby, začne typický výtok pozvolna slábnout, což je důsledkem postupu infekce do vzdálenějších orgánů. Zasaženy jsou poté semenné váčky, nadvarlata a prostata. To se projeví zvýšenou teplotou, bolestivostí při močení, v moči může být patrná příměs krve. Při zasažení prostaty se dostavuje její bolestivost v oblasti rekta. U nadvarlete dochází k asymetrickému zduření šourku.
U žen je kapavka mnohem zákeřnější, neboť přibližně v polovině případů probíhá onemocnění asymptoticky či nejsou příznaky příliš patrné. Nejčastěji se objevují obtíže při močení a bolestivost při styku, jenž může být spojena s krvácením. Při propuknutí zánětu děložního hrdla se dostavuje i typický hnisavý výtok. U bezpříznakového průběhu se ukazatelem na onemocnění stává až propuknutý zánět pánve. Při něm se dostavují křeče a bolestivost břicha, horečka a nutkavé pocity na zvracení.